PT Tiki Jalur Nugraha Ekakurir didirikan pada tanggal 26 November 1990 oleh H. Soeprapto Suparno. Perusahaan ini dirintis sebagai sebuah divisi dari PT Citra van Titipan Kilat (TiKi) untuk mengurusi jaringan kurir internasional.
Bermula dengan delapan orang dan kapital 100 juta rupiah, JNE memulai kegiatan usahanya yang terpusat pada penanganan kegiatan kepabeanan, impor kiriman barang, dokumen serta pengantarannya dari luar negeri ke Indonesia.
Pada tahun 1991, JNE memperluas jaringan internasional dengan bergabung sebagai anggota asosiasi perusahaan-perusahaan kurir beberapa negara Asia (ACCA) yang bermakas di Hong Kong yang kemudian memberi kesempatan kepada JNE untuk mengembangkan wilayah antaran sampai ke seluruh dunia.
Karena persaingannya di pasar domestik, JNE juga memusatkan memperluas jaringan domestik. Dengan jaringan domestiknya TiKi dan namanya, JNE mendapat keuntungan persaingan dalam pasar domestik. JNE juga memperluas pelayanannya dengan logistik dan distribusi.
Selama bertahun-tahun TiKi dan JNE berkembang dan menjadi dua perusahaan yang punya arah masing-masing. Karena ini kedua perusahaan tersebut menjadi saingan. Akhirnya JNE menjadi perusahaan diri sendiri dengan manajemen sendiri. JNE membuat logo sendiri yang membedakannya dari TiKi.
JNE membeli gedung pada tahun 2002 dan mendirikan JNE Operations Sorting Center. Kemudian pada tahun 2004 JNE membeli gedung untuk dijadikan Kantor Pusat. Keduanya berada di Jakarta. Saat ini kantor pusat PT TikiJNE berada di Tomang Raya No 9 & 11 Jakarta Barat