Sekolah Pah Tsung pertama kali berdiri pada zaman penjajahan Jepang karena melihat banyak anak-anak dan generasi muda yang tidak bersekolah pada masa itu. Setelah Indonesia merdeka, sekitar tahun 1947 ada sekumpulan orang keturunan Tiongha yang berinisiatif untuk mendirikan sekolah. Dibukalah Sekolah Tingkat Menengah Atas yang mayoritas siswanya adalah keturunan Tiong Hoa dengan nama Pah Tsung. Ini berasal dari kata Pah Tsen artinya “Batavia” dan Tsung Sio artinya Sekolah Menengah yang maksudnya yaitu Sekolah Menengah yang terletak di daerah Batavia.