Kepercayaan masyarakat dan pemerintah terhadap STMIK AMIKOM Yogyakarta begitu besar. Guna memenuhi kebutuhan tenaga kerja professional di bidang teknologi informatika dan informasi maka didirikanlah Yayasan AMIKOM Purwokerto yang bertempat di Jl. HR. Bunyamin P2 No. 4 Limas Agung Estate Purwokerto dengan nama pendirinya adalah Muhammad Suyanto yang sekaligus menjabat sebagai Ketua Dewan Pembina Yayasan AMIKOM Purwokerto. Pendirian yayasan tersebut disahkan di depan notaris pembuat Akte Pendirian Henny Susilaningtyas, SH pada tanggal 21 November 2002 dengan Nomor 4 Tahun 2002. Atas saran dan masukan dari Dirjen DIKTI, maka nama yayasan IMKI Purwokerto diganti dengan nama yayasan AMIKOM Purwokerto. Perubahan nama ini juga diaktekan pendiriannya di kantor notaris Henny Susilaningtyas, SH pada tanggal 18 Februari 2003 dengan Nomor 5 tahun 2003. Dikarenakan akte pendirian yayasan tersebut belum disahkan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia, maka dipandang perlu mendirikan yayasan AMIKOM Purwokerto dengan akta pendirian no. 18 pada tanggal 26 Agustus 2010 oleh notaris Ahmad Priyo Susetyo, SH, M.Kn yang disahkan oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia dengan Nomor AHU.4689.AH.01.04 Th. 2010 Tanggal 09 Nopember 2010.
Pada tanggal 16 Mei 2005 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 64/D/O/2005 secara resmi berdirilah SEKOLAH TINGGI MANAJEMEN INFORMATIKA DAN KOMPUTER (STMIK) AMIKOM Purwokerto di Purwokerto dengan 2 jurusan, masing-masing untuk jenjang pendidikan Strata 1 sebagai berikut :
1. Program Jurusan Sistem Informasi dengan konsentrasi :
a. E-Commerce
b. Sistem Informasi Berbasis Multimedia
c. Komputerisasi Akuntansi
2. Program Jurusan Teknik Informatika dengan konsentrasi :
a. Multimedia
b. Pemrograman Internet
Pada tahun pertama pendiriannya, STMIK AMIKOM Purwokerto menempati kampus di JL. HR. Bunyamin P2 No. 4 Purwokerto. Jumlah mahasiswa untuk tahun pertama berjumlah 65 mahasiswa. Pada tahun kelima, jumlah mahasiswa aktif tercatat mencapai 1.146 mahasiswa. Memasuki tahun kelima STMIK AMIKOM Purwokerto membangun kampus utama di Jl. Pol. Sumarto (depan SPN Purwokerto) dan kampus di Jl. HR. Bunyamin P1 No. 1 sebagai kampus 2.
Perkembangan dan kepercayaan masyarakat terhadap STMIK AMIKOM Purwokerto yang begitu baik,serta komitmen yang kuat dan dukungan sepenuhnya dari STMIK AMIKOM Yogyakarta, merupakan modal yang cukup untuk mengembangkan STMIK AMIKOM Purwokerto menjadi Perguruan Tinggi terbesar yang berorientasi pada Trend Teknologi Informasi khususnya di Purwokerto dan lingkungan KOPERTIS Wilayah VI (Jawa Tengah).